Достоверной информации о происхождении названия местности нет, хотя этимологическая связь с пирогами или пирожками напрашивается. Такая связь может быть и косвенной. В старину существовала особая пошлина — "пироговая", и взималась она в пользу сборщиков податей.

Археологические данные относят заселение территории к Бронзовому веку. Поселение впервые упомянуто, как Пироговка, в 1627 году как владение Киево-Печерской лавры. Возможно, местность была великокняжеским подарком монахам-отшельникам. В 1720 году село упоминается как Пирожов. В 1957 году территория включена в городскую черту Киева, где она отнесена к Голосеевскому административному району.

В современном Киеве Пирогов располагается между Китаево, Голосеево, Феофанией, Церковщиной и Краснознаменной улицей. Историческая Пироговская дорога сейчас входит в состав улиц Столичное шоссе и Новопироговская.

Идея создания Музея народной архитектуры и быта Украины принадлежит Герою Украины П. Т. Тронько.

В 1976 году по его инициативе состоялось открытие Музея. Экспозицию начали формировать с 1969 года.

В настоящее время музей имеет статус государственного и находится на попечении Института искусств, фольклористики и этнологии Национальной Академии Наук Украины.